Systemu KSeF nie obejmuje:
- Faktur wystawianych w procedurach OSS i IOSS,
- Faktur konsumenckich (B2C) – będzie tak jak obecnie (faktury papierowe lub „zwykłe” elektroniczne),
- Paragonów fiskalnych autostradowych i biletów za przejazd – pozostaje wersja papierowa,
- Paragonów fiskalnych do 450 zł z NIP nabywcy i innych faktur do 450 zł z NIP nabywcy (tylko do końca 2024 r.),
- Faktur emitowanych przez kasy fiskalne (do końca 2024 r.),
- Faktur wystawianych przez podatnika nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju,
- W okresie awarii KSeF określonej w specjalnym komunikacie albo w przypadku offline.