Fakturę zaliczkową i końcową przychodową należy wystawić poza Taxeon. Natomiast dla poprawności rozliczeń w programie należy fakturę zaliczkową (jeśli jesteś VAT-owcem) ująć tylko w rejestrze VAT należnym, a do przychodów zaliczyć wartość wynikającą z faktury kończącej cykl zaliczkowy (wystawiana jest po dostarczeniu towaru lub po wykonaniu usługi).
Aby dodać wpis tylko do rejestru VAT należy wprowadzić przychód w sekcji PRZYCHODY poleceniem INNY PRZYCHÓD. Po uzupełnieniu danych kontrahenta należy pominąć sekcję ZAPISY DO KSIĘGI. Kolejnym krokiem jest uzupełnienie sekcji ZAPISY DO REJESTRU SPRZEDAŻY VAT. W ten sposób wprowadzony przychód trafi tylko do rejestru VAT.
Księgując fakturę kończącą cykl zaliczkowy należy pamiętać, że do rejestru VAT wpisujemy wartość, która nie została wcześniej zafakturowana (czyli różnica wynikająca z wartości faktury kończącej cykl zaliczkowy, a sumy wystawionych faktur zaliczkowych).